Biología computacional aplicada al análisis genómico de dos cultivares élite (Solanum lycopersicum : Heinz y M82) y una especie silvestre de tomate (Solanum pennellii: LA0716)

Mediante la aplicación de diferentes enfoques de Biología Computacional, en esta Tesis se abordaron tres proyectos genoma de tomate: i) el genoma mitocondrialdel cultivar élite Heinz se secuenció, ensambló y anotó; ii) se ancló la secuenciacompleta del genoma de la especie silvestre de tomate Solanu...

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Detalles Bibliográficos
Autor principal: Lichtenstein, Gabriel
Otros Autores: Carrari, Fernando
Formato: Tesis doctoral publishedVersion
Lenguaje:Español
Publicado: Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales 2018
Materias:
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n6397_Lichtenstein
Aporte de:
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description Mediante la aplicación de diferentes enfoques de Biología Computacional, en esta Tesis se abordaron tres proyectos genoma de tomate: i) el genoma mitocondrialdel cultivar élite Heinz se secuenció, ensambló y anotó; ii) se ancló la secuenciacompleta del genoma de la especie silvestre de tomate Solanum pennellii, el padredonante de la conocida población de líneas de introgresión (IL), al mapa genéticoy iii) mediante genómica comparativa y análisis de QTL (loci de caracterescuantitativos) se identificaron genes candidatos asociados a variaciones en lafotosíntesis y en caracteres relacionados con el crecimiento de las plantas. Losresultados del ensamblado del genoma mitocondrial del tomate mostraron que lasinserciones nucleares de origen mitocondrial (del inglés, numts: nuclearmitochondrial DNA segments) están presentes aún en los tomatescontemporáneos. Este hallazgo fue validado por hibridación fluorescente in situ lacual mostró un número particularmente elevado de numts en el cromosoma 11 delcultivar Heinz. En la segunda parte de esta Tesis se presenta la secuencia completadel genoma de S. pennellii la cual fue ensamblada de novo en 4.591 scaffolds, de loscuales, el 97,1% fueron anclados (mediante una base de datos interna de 16.940marcadores moleculares) al mapa genético del tomate. Por último, en el capítulofinal de esta Tesis, el potencial como herramientas para la investigación y elmejoramiento de cultivos de las secuencias genómicas aquí presentadas, sedemostró por el genoma del cultivar S. lycopersicum M82, ensamblado porreferencia. En esta parte, se identificaron 87 genes candidatos involucrados en ladeterminación de loci de caracteres cuantitativos responsables de variaciones en lafotosíntesis y en caracteres relacionados con el crecimiento de la planta presentesen 11 regiones (BINs) de las líneas de introgresión de tomate.
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