Herramientas bioinformáticas para el análisis estructural de proteínas a escala genómica

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El desarrollo de herramientas computacionales para el cálculo y análisis de datos seencuentra actualmente en constante expansión en diferentes campos de la ciencia,particularmente en el campo de las ciencias de la vida, donde la cantidad de datosdisponibles, generados por nuevas técnicas experimenta...

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Detalles Bibliográficos
Autor principal: Radusky, Leandro Gabriel
Otros Autores: Martí, Marcelo Adrián
Formato: Tesis doctoral publishedVersion
Lenguaje:Español
Publicado: Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales 2017
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n6165_Radusky
http://repositoriouba.sisbi.uba.ar/gsdl/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=aextesis&d=tesis_n6165_Radusky_oai
Aporte de:
Repositorio Digital de la Universidad de Buenos Aires (UBA) de Universidad de Buenos Aires
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description El desarrollo de herramientas computacionales para el cálculo y análisis de datos seencuentra actualmente en constante expansión en diferentes campos de la ciencia,particularmente en el campo de las ciencias de la vida, donde la cantidad de datosdisponibles, generados por nuevas técnicas experimentales convierte en fundamental laimplementación de técnicas computacionales para el análisis y manejo de datos y sutransformación en conocimiento. En este sentido, focalizándose en el campo de la bioinformática estructural de proteínas yla quimioinformática, nos hemos concentrado en la generación de herramientas y aplicaciónde las mismas en problemas relacionados con la salud humana. El presente trabajo de tesis tiene como primer objetivo proponer nuevos procedimientospara el descubrimiento de blancos proteicos relevantes en organismos bacterianos, usandocomo caso de estudio Mycobacterium tuberculosis . El segundo objetivo de esta tesis es el de, seleccionado el blanco proteico dentro de ungenoma de interés, estudiar cuáles son las características que debiera cumplir una moléculapara tener buenas probabilidades unirse a dicho blanco y a partir de la misma proponerposibles ligandos derivados de bases de datos de compuestos. El tercer objetivo de esta tesis es poder comprender y predecir cuáles serán los efectosen la función de una proteína determinada (potencialmente cualquiera que sea de interésdel usuario) de mutaciones no sinónimas que se produzcan en su secuencia. Los tres objetivos han sido abordados desde un punto de vista computacional y todos losmétodos desarrollados pueden considerarse herramientas i nsilico. Más allá de suaplicación en organismos o proteínas puntuales como casos de estudio, todos losdesarrollos pueden ser extendidos y reutilizados de manera directa y automática sobre otrosorganismos o proteínas. Los resultados obtenidos han sido validados contra la literatura existente, permitiendoreproducir resultados experimentales y/o manualmente curados de una manera automática,lo que supone una reducción de tiempo y recursos en los procesos en los que estasherramientas están involucradas.
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spelling I28-R145-tesis_n6165_Radusky_oai2023-04-26 Martí, Marcelo Adrián Turjanski, Adrián Gustavo Radusky, Leandro Gabriel 2017-03-10 El desarrollo de herramientas computacionales para el cálculo y análisis de datos seencuentra actualmente en constante expansión en diferentes campos de la ciencia,particularmente en el campo de las ciencias de la vida, donde la cantidad de datosdisponibles, generados por nuevas técnicas experimentales convierte en fundamental laimplementación de técnicas computacionales para el análisis y manejo de datos y sutransformación en conocimiento. En este sentido, focalizándose en el campo de la bioinformática estructural de proteínas yla quimioinformática, nos hemos concentrado en la generación de herramientas y aplicaciónde las mismas en problemas relacionados con la salud humana. El presente trabajo de tesis tiene como primer objetivo proponer nuevos procedimientospara el descubrimiento de blancos proteicos relevantes en organismos bacterianos, usandocomo caso de estudio Mycobacterium tuberculosis . El segundo objetivo de esta tesis es el de, seleccionado el blanco proteico dentro de ungenoma de interés, estudiar cuáles son las características que debiera cumplir una moléculapara tener buenas probabilidades unirse a dicho blanco y a partir de la misma proponerposibles ligandos derivados de bases de datos de compuestos. El tercer objetivo de esta tesis es poder comprender y predecir cuáles serán los efectosen la función de una proteína determinada (potencialmente cualquiera que sea de interésdel usuario) de mutaciones no sinónimas que se produzcan en su secuencia. Los tres objetivos han sido abordados desde un punto de vista computacional y todos losmétodos desarrollados pueden considerarse herramientas i nsilico. Más allá de suaplicación en organismos o proteínas puntuales como casos de estudio, todos losdesarrollos pueden ser extendidos y reutilizados de manera directa y automática sobre otrosorganismos o proteínas. Los resultados obtenidos han sido validados contra la literatura existente, permitiendoreproducir resultados experimentales y/o manualmente curados de una manera automática,lo que supone una reducción de tiempo y recursos en los procesos en los que estasherramientas están involucradas. The development of computational tool for data calculation and analysis is actually inconstant expansion through the different fields of science, particularly in the field of the lifesciences, where the amount of available data produced by novel experimental techniquesmakes indispensable the implementation of computational techniques to handle and analyzethe data and its transformation into knowledge. In this sense, focusing in the field of the protein's structural bioinformatics and thecheminformatics, we concentrated our efforts in building tools and apply them in problemsrelated to human health. The present thesis work has as first objective to propose novel procedures to discoverrelevant protein targets in bacterial organisms, using as case of study Mycobacteriumtuberculosis . The second objective of this thesis is to, once selected the protein target within a genome,to study which are the properties that a molecule has to fulfill to have good chances ofbinding to this target, and based in it to propose possible ligands derived from a compounddatabase. The third propound objective is to comprehend and predict which will be the effects in theprotein function (potentially any protein of user interest) of nonsynonymousmutations produced in their sequence. All the three objectives has been addressed from a computational point of view and all thedeveloped methods can be considered in-silico tools. Besides of its application in punctualorganisms or protein targets as cases of study, all this developments can be extended andreused in a direct manner over other organisms/proteins. The obtained results has been validated against the existent literature, allowing toreproduce experimental and/or manually curated results in an automatic way, whichsupposes a saving of time and resources in the processes where this tools are involved. Fil: Radusky, Leandro Gabriel. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. application/pdf https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n6165_Radusky spa Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales info:eu-repo/semantics/openAccess https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar Herramientas bioinformáticas para el análisis estructural de proteínas a escala genómica Bioinformatic tools for a genomic scale analysis of protein structure info:eu-repo/semantics/doctoralThesis info:ar-repo/semantics/tesis doctoral info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://repositoriouba.sisbi.uba.ar/gsdl/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=aextesis&d=tesis_n6165_Radusky_oai

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