Abriendo la caja negra de los microbiomas ambientales argentinos. Caracterizaciones funcionales y ecológicas en lagunas de altura andinas y suelos de la pampa húmeda con secuenciación de alto rendimiento

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La metagenómica basada en tecnología de secuenciación de alto rendimiento revolucionóen los últimos años el campo de la microbiología. Esta metodología permite estudiar a lascomunidades de microorganismos ambientales, tanto cultivables como no cultivables, apartir de su información genética. Para po...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor principal: Rascovan, Nicolás
Otros Autores: Vázquez, Martín P.
Formato: Tesis doctoral publishedVersion
Lenguaje:Español
Publicado: Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales 2013
Materias:
METAGENOMICA
MICROBIOMA
COMUNIDADES MICROBIANAS
SECUENCIACION MASIVA DE ADN DE ALTO RENDIMIENTO
SUELO
PAMPA HUMEDA
LAGUNAS DE ALTURA ANDINAS
METAGENOMICS
MICROBIOME
MICROBIAL COMMUNITIES
HIGH THROUGHPUT SEQUENCING
SOIL
PAMPAS
HIGH ALTITUDE ANDEAN LAKES
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5505_Rascovan
https://repositoriouba.sisbi.uba.ar/gsdl/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=aextesis&d=tesis_n5505_Rascovan_oai
Aporte de:
Repositorio Digital de la Universidad de Buenos Aires (UBA) de Universidad de Buenos Aires
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description La metagenómica basada en tecnología de secuenciación de alto rendimiento revolucionóen los últimos años el campo de la microbiología. Esta metodología permite estudiar a lascomunidades de microorganismos ambientales, tanto cultivables como no cultivables, apartir de su información genética. Para poder realizar este tipo de estudios fue necesarioinstalar, por primera vez en nuestro país, una plataforma de genómica y bioinformáticaque contara con el equipamiento necesario para la secuenciación masiva de ADN y elanálisis posterior de los datos. Los estudios metagenómicos realizados en este trabajo seenfocaron en dos ambientes contrastantes: Las lagunas de altura de la Puna Andina (LAPA) y los suelos de los agroecosistemas de la pampa húmeda (SAPH). Los microbiomasde LAPA en ambientes prístinos presentaron una biodiversidad relativamente baja y nocaracterizada previamente. Esto sirvió como modelo de análisis Taxonómico-funcionalpara describir los primeros estromatolitos vivos de altura en el mundo y biofilmscompuestos por haloarqueas encontrados por primera vez en la naturaleza. Los SAPH, porotro lado, son ambientes altamente biodiversos y con alto impacto antropogénicosirviendo como modelo de estudio del impacto ecológico sobre el microbioma en dichascondiciones. Específicamente para este fin, se generó el set de datos PAMPA de casi 8000millones de bases de ADN que ha sido posteriormente abierto públicamente para elanálisis comunitario. Esta investigación es pionera en nuestro país en el emergente campode la metagenómica ambiental por secuenciación masiva y es a su vez la más detalladacaracterización de microbiomas hecha hasta el momento en Argentina.
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spelling I28-R145-tesis_n5505_Rascovan_oai2024-09-02 Vázquez, Martín P. Rascovan, Nicolás 2013-12-27 La metagenómica basada en tecnología de secuenciación de alto rendimiento revolucionóen los últimos años el campo de la microbiología. Esta metodología permite estudiar a lascomunidades de microorganismos ambientales, tanto cultivables como no cultivables, apartir de su información genética. Para poder realizar este tipo de estudios fue necesarioinstalar, por primera vez en nuestro país, una plataforma de genómica y bioinformáticaque contara con el equipamiento necesario para la secuenciación masiva de ADN y elanálisis posterior de los datos. Los estudios metagenómicos realizados en este trabajo seenfocaron en dos ambientes contrastantes: Las lagunas de altura de la Puna Andina (LAPA) y los suelos de los agroecosistemas de la pampa húmeda (SAPH). Los microbiomasde LAPA en ambientes prístinos presentaron una biodiversidad relativamente baja y nocaracterizada previamente. Esto sirvió como modelo de análisis Taxonómico-funcionalpara describir los primeros estromatolitos vivos de altura en el mundo y biofilmscompuestos por haloarqueas encontrados por primera vez en la naturaleza. Los SAPH, porotro lado, son ambientes altamente biodiversos y con alto impacto antropogénicosirviendo como modelo de estudio del impacto ecológico sobre el microbioma en dichascondiciones. Específicamente para este fin, se generó el set de datos PAMPA de casi 8000millones de bases de ADN que ha sido posteriormente abierto públicamente para elanálisis comunitario. Esta investigación es pionera en nuestro país en el emergente campode la metagenómica ambiental por secuenciación masiva y es a su vez la más detalladacaracterización de microbiomas hecha hasta el momento en Argentina. Metagenomics by high throughput sequencing (HTS) has revolutionized the field ofmicrobiology in the past few years. This method is a powerful tool for the study ofenvironmental microbial communities of both, culturable and nonculturable organisms,based on their genetic information. To be able to perform these type of studies in Argentina, it became necessary to set up a genomic and bioinformatic platform with theappropriate HTS and data analysis equipment. The metagenomic studies presented herewere focused in two contrasting environments: the high altitude Andean lakes (HAAL) andthe soils from humid Pampas agroecosystems (HPAS). The HAAS microbiomes in pristineenvironments have been poorly characterized and presented a relatively low biodiversity.they were chosen as a model for taxonomic/functional analyses of the first high-altitudeliving stromatolites and the first haloarchaea biofilms found in nature. In contrast, the HPAS are highly diverse environments with high impact from anthropogenic activities. Ecological oriented analyses were performed to study the effects of agricultural practiceson microbial communities. Specifically for this study, we generated the PAMPA datasetswith almost 8 Gb of soil metagenomic data that has been now opened to the scientificcommunity for crowdsourcing analyses. This is a pioneer work in Argentina in themetagenomic emerging field and the most detailed characterization until date ofargentinean microbiomes. Fil: Rascovan, Nicolás. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. application/pdf https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5505_Rascovan spa Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales info:eu-repo/semantics/openAccess https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar METAGENOMICA MICROBIOMA COMUNIDADES MICROBIANAS SECUENCIACION MASIVA DE ADN DE ALTO RENDIMIENTO SUELO PAMPA HUMEDA LAGUNAS DE ALTURA ANDINAS METAGENOMICS MICROBIOME MICROBIAL COMMUNITIES HIGH THROUGHPUT SEQUENCING SOIL PAMPAS HIGH ALTITUDE ANDEAN LAKES Abriendo la caja negra de los microbiomas ambientales argentinos. Caracterizaciones funcionales y ecológicas en lagunas de altura andinas y suelos de la pampa húmeda con secuenciación de alto rendimiento Opening the black box of the argentinean microbiomes. Functional and ecological characterization of high altitude andean lakes and humid pampean soils by high throughput sequencing info:eu-repo/semantics/doctoralThesis info:ar-repo/semantics/tesis doctoral info:eu-repo/semantics/publishedVersion https://repositoriouba.sisbi.uba.ar/gsdl/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=aextesis&d=tesis_n5505_Rascovan_oai

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