E2, regulador de transcripción y replicación del papilomavirus humano : interacción con ADN, dinámica conformacional y divergencia evolutiva

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Más de 50 tipos de papilomavirus humanos (HPV) infectan epitelio mucoso causando una variedad de lesiones benignas y malignas. El dominio C-terminal de la proteína E2 de HPV (E2C) discrimina entre cuatro sitios de ADN altamente similares regulando el ciclo de vida del virus vía la activación de la r...

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Detalles Bibliográficos
Autor principal: Dellarole, Mariano
Otros Autores: de Prat Gay, Gonzalo
Formato: Tesis doctoral publishedVersion
Lenguaje:Español
Publicado: Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales 2010
Materias:
PAPILOMAVIRUS HUMANO
PROTEINA E2 REGULADOR MAESTRO
INTERACCIONES PROTEINA-ADN
BIOFISICA
HUMAN PAPILLOMAVIRUS
E2 MASTER REGULATOR PROTEIN
PROTEIN-DNA INTERACTIONS
BIOPHYSICS
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n4834_Dellarole
http://repositoriouba.sisbi.uba.ar/gsdl/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=aextesis&d=tesis_n4834_Dellarole_oai
Aporte de:
Repositorio Digital de la Universidad de Buenos Aires (UBA) de Universidad de Buenos Aires
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description Más de 50 tipos de papilomavirus humanos (HPV) infectan epitelio mucoso causando una variedad de lesiones benignas y malignas. El dominio C-terminal de la proteína E2 de HPV (E2C) discrimina entre cuatro sitios de ADN altamente similares regulando el ciclo de vida del virus vía la activación de la replicación y la activación y/o represión de la transcripción. Con el fin de tratar de entender la naturaleza de la interacción entre E2C y ADN, realizamos un análisis detallado del complejo utilizando herramientas bioinformáticas y el contenido de información en las secuencias proteicas y nucleotídicas y usando técnicas biofísicas, proteínas E2C recombinantes y sitios sintéticos de ADN específicos y no-específicos. Antes de estudiar el rol de la interacción E2C-ADN, nos focalizamos en el proceso de polimerización no-funcional de E2C dado que su desarrollo es reprimido por la presencia de ADN específico. Inducida por temperatura, la polimerización de E2C se desencadena mediante la formación de un núcleo estructurado y finaliza en un paisaje morfológico de oligómeros solubles con propiedades amiloideas. El estudio computacional de la interacción E2-ADN de todos los tipos de HPV mucosos indica que las proteínas E2 de distintos tipos poseen propiedades de discriminación de ADN similares. Las diferencias en la interacción E2-ADN se encuentran principalmente en la secuencia de ADN específico, en acuerdo con el análisis de la unión de E2C a diferentes sitios mediante titulaciones isotérmicas de calorimetría. Basado solamente en la secuencia de ADN, logramos predecir diferencias en la energía de unión las cuales se ordenaron en seis grupos de afinidades discretas. Ciertas jerarquías de afinidades como también distancias entre sitios y presencia de sitios de metilación se encontraron estadísticamente asociados con tipos de HPV propensos a ser malignos. Estudiamos la estabilidad y la propiedad de discriminación de secuencia de cinco proteínas E2C homólogas de identidad de secuencia proteica en el rango 44% al 77%. La desnaturalización al equilibrio y la cinética de desplegado en cloruro de guanidinio mostró que todos los dominios son homodímeros estables que se desnaturalizan vía un mecanismo de dos estados. Medimos la unión a distintos sitios de ADN y confirmamos que el mecanismo de unión para todos los complejos es el mismo en base a una genuina compensación entropico-entálpica. Nuestros resultados muestran que la inusual estructura de barril-beta de E2C puede acomodarse a numerosas mutaciones manteniendo las propiedades cruciales de conformación y función. Pero la unión cooperativa a sitios adyacentes de ADN mostró que los componentes entálpicos-entrópicos de la reacción como la deformación del ADN puede divergir entre distintas homólogas en acuerdo con un fuerte acoplamiento entre la dinámica global de la proteína y el reconocimiento del ADN.
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spelling I28-R145-tesis_n4834_Dellarole_oai2023-04-26 de Prat Gay, Gonzalo Dellarole, Mariano 2010 Más de 50 tipos de papilomavirus humanos (HPV) infectan epitelio mucoso causando una variedad de lesiones benignas y malignas. El dominio C-terminal de la proteína E2 de HPV (E2C) discrimina entre cuatro sitios de ADN altamente similares regulando el ciclo de vida del virus vía la activación de la replicación y la activación y/o represión de la transcripción. Con el fin de tratar de entender la naturaleza de la interacción entre E2C y ADN, realizamos un análisis detallado del complejo utilizando herramientas bioinformáticas y el contenido de información en las secuencias proteicas y nucleotídicas y usando técnicas biofísicas, proteínas E2C recombinantes y sitios sintéticos de ADN específicos y no-específicos. Antes de estudiar el rol de la interacción E2C-ADN, nos focalizamos en el proceso de polimerización no-funcional de E2C dado que su desarrollo es reprimido por la presencia de ADN específico. Inducida por temperatura, la polimerización de E2C se desencadena mediante la formación de un núcleo estructurado y finaliza en un paisaje morfológico de oligómeros solubles con propiedades amiloideas. El estudio computacional de la interacción E2-ADN de todos los tipos de HPV mucosos indica que las proteínas E2 de distintos tipos poseen propiedades de discriminación de ADN similares. Las diferencias en la interacción E2-ADN se encuentran principalmente en la secuencia de ADN específico, en acuerdo con el análisis de la unión de E2C a diferentes sitios mediante titulaciones isotérmicas de calorimetría. Basado solamente en la secuencia de ADN, logramos predecir diferencias en la energía de unión las cuales se ordenaron en seis grupos de afinidades discretas. Ciertas jerarquías de afinidades como también distancias entre sitios y presencia de sitios de metilación se encontraron estadísticamente asociados con tipos de HPV propensos a ser malignos. Estudiamos la estabilidad y la propiedad de discriminación de secuencia de cinco proteínas E2C homólogas de identidad de secuencia proteica en el rango 44% al 77%. La desnaturalización al equilibrio y la cinética de desplegado en cloruro de guanidinio mostró que todos los dominios son homodímeros estables que se desnaturalizan vía un mecanismo de dos estados. Medimos la unión a distintos sitios de ADN y confirmamos que el mecanismo de unión para todos los complejos es el mismo en base a una genuina compensación entropico-entálpica. Nuestros resultados muestran que la inusual estructura de barril-beta de E2C puede acomodarse a numerosas mutaciones manteniendo las propiedades cruciales de conformación y función. Pero la unión cooperativa a sitios adyacentes de ADN mostró que los componentes entálpicos-entrópicos de la reacción como la deformación del ADN puede divergir entre distintas homólogas en acuerdo con un fuerte acoplamiento entre la dinámica global de la proteína y el reconocimiento del ADN. More than 50 Human papillomavirus (HPV) types infect mucosal epithelia causing a variety of benign and malign lesions. The C-terminal domain of HPV E2 protein (E2C) discriminates between four highly similar cognate DNA sites in order to regulate the virus life cycle by activating replication and repressing and/or activating transcription. In order to try to understand the nature of the interaction between E2C and DNA, we performed a detailed analysis of the complex using bioinformatics tools and the information content on DNA sequences and using biophysical techniques and recombinant engineered and homologous E2C proteins and synthesized specific and nonspecific DNA sites. Before studying the role of the E2C-DNA interaction, we focused on the nonfunctional polymerization process of E2C as its development is repressed by the presence of DNA binding sites. Triggered by heat, the polymerization of E2C starts by formation of a stable and structured nucleus and ends in an organized morphology landscape of soluble amyloid-like oligomers. The computational study of the E2-DNA interaction of all mucosal HPV types, indicates that E2 proteins have similar DNA discrimination properties. Differences in E2-DNA interaction among HPV types lie mostly in the target DNA sequence, in agreement with the analysis of binding of E2C to different sites using isothermal titration calorimetry. Based on DNA sequences only, we could predict differences in binding energies which clustered into six discrete affinity hierarchies. Finally, certain distances between sites, affinity hierarchies and their eventual changes upon methylation, are statistically associated with high-risk types. We studied the stability and DNA discrimination properties of five homologous E2C proteins with sequence identities ranging from 45% to 77%. Equilibrium denaturation and unfolding kinetics in guanidinium chloride showed that all five domains are very stable homodimers that unfold via a two-state mechanism. We used isothermal titration calorimetry to follow binding of the five proteins to three different DNA sites. Genuine enthalpy-entropy compensation confirms that the binding mechanism is the same for all complexes. The five domains have nearly identical capacities for DNA sequence discrimination despite the high degree of sequence divergence. Our results show that the unusual E2C beta-barrel can accommodate many mutations while retaining its crucial conformational and functional properties. But cooperative binding to tandem DNA E2 site showed that the enthalpic-entropic components of the reaction and DNA deformation can diverge in agreement with a strong coupling between global dynamics and DNA recognition. Fil: Dellarole, Mariano. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. application/pdf https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n4834_Dellarole spa Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales info:eu-repo/semantics/openAccess https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar PAPILOMAVIRUS HUMANO PROTEINA E2 REGULADOR MAESTRO INTERACCIONES PROTEINA-ADN BIOFISICA HUMAN PAPILLOMAVIRUS E2 MASTER REGULATOR PROTEIN PROTEIN-DNA INTERACTIONS BIOPHYSICS E2, regulador de transcripción y replicación del papilomavirus humano : interacción con ADN, dinámica conformacional y divergencia evolutiva E2, transcription and replication regulator of human papillomavirus: protein-DNA interaction, conformational dynamics and evolutionary divergence info:eu-repo/semantics/doctoralThesis info:ar-repo/semantics/tesis doctoral info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://repositoriouba.sisbi.uba.ar/gsdl/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=aextesis&d=tesis_n4834_Dellarole_oai

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