Integración de herramientas informáticas para el diseño de marcadores moleculares ligados a un gen de interés a partir de un microarray de genotipado de trigo pan

El acceso a nuevas tecnologías moleculares para su aplicación en el mejoramiento de los cultivos demanda la utilización de herramientas informáticas de manera integrada para el tratamiento de los datos. Se presenta la confección de un mapa genético integrando 3232 SNP (en inglés, Single Nucleotide...

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Detalles Bibliográficos
Autores principales: Costa Tártara, Sabrina María, Crescente, Juan Manuel, Vanzetti, Leonardo, Tranquilli, Gabriela, Bonafede, Marcos
Formato: Objeto de conferencia
Lenguaje:Español
Publicado: 2019
Materias:
Ciencias Informáticas
Trigo pan
SNP
SSR
Polymarker
RQTL
MapMerger
Acceso en línea:http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/88298
Aporte de:
SEDICI (UNLP) de Universidad Nacional de La Plata
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description El acceso a nuevas tecnologías moleculares para su aplicación en el mejoramiento de los cultivos demanda la utilización de herramientas informáticas de manera integrada para el tratamiento de los datos. Se presenta la confección de un mapa genético integrando 3232 SNP (en inglés, Single Nucleotide Polymorphism) obtenidos a partir de un microarray de SNP dise˜nado para trigo pan (Triticum aestivum) y 212 SSR (en inglés, Simple Sequence Repeat), utilizados previamente en el mapeo de una región cromosómica asociada a la resistencia de la Fusariosis de la Espiga de Trigo (FET), utilizando MapMerger y la librería RQTL. Se seleccionaron 15 SNP candidatos sobre los cuales se diseñaron cebadores in silico, para convertirlos en marcadores KASP (en ingles, Kompetitive allele-specific PCR), utilizando PolyMarker. Se espera contribuir con el desarrollo de un nuevo marcador asociado a un gen de resistencia a FET que pueda transferirse a la comunidad de mejoradores.
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