Aplicação de processamento paralelo no problema de reconhecimento de genes
Nos últimos anos, a quantidade de dados biológicos em bancos de dados públicos vem aumentando exponencialmente. Como conseqüência, os algoritmos de análises de dados, em especial algoritmos de predição de genes, estão associados a longos tempos de execução. Neste sentido, a computação paralela é um...
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| Publicado: |
2004
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Ciencias Informáticas Parallel processing Distributed Parallel computação paralela Sim4 predição de genes distribuição de dados aglomerados de computadores Takuno, Leonardo M. Matsumoto Sato, Liria Midorikawa, Edson T. Aplicação de processamento paralelo no problema de reconhecimento de genes |
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Nos últimos anos, a quantidade de dados biológicos em bancos de dados públicos vem aumentando exponencialmente. Como conseqüência, os algoritmos de análises de dados, em especial algoritmos de predição de genes, estão associados a longos tempos de execução. Neste sentido, a computação paralela é um meio eficaz para diminuir o tempo de execução do processamento de tais análises.
Neste artigo, apresentaremos uma solução paralela para o tratamento do problema de reconhecimento de genes, problema este de grande relevância biológica e computacional. Para isso utilizaremos um algoritmo de predição de genes conhecido por Sim4. Este algoritmo foi projetado para alinhar seqüências de DNA complementar (cDNA) com seqüências de DNA genômico, e produzir como resultado uma tabela contendo as localizações das regiões que codificam proteínas. |
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