Búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: La asociación Pantoea spp. – alfalfa

Las plantas son organismos ampliamente colonizados por diversos microorganismos que constituyen su denominado microbioma. La relación entre microorganismos y plantas terrestres es un vínculo que se ha desarrollado a lo largo de los últimos 450 millones de años, a través del cual microorganismos y pl...

Descripción completa

Guardado en:
Detalles Bibliográficos
Autor principal: Erdozain Bagolin, Sofía Agostina
Otros Autores: Lagares, Antonio
Formato: Tesis Tesis de doctorado
Lenguaje:Español
Publicado: 2024
Materias:
Biología
Colonización
endosfera
rizosfera
TnSeq
Pantoea
Acceso en línea:http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/174979
https://doi.org/10.35537/10915/174979
Aporte de:
SEDICI (UNLP) de Universidad Nacional de La Plata
id I19-R120-10915-174979
record_format dspace
spelling I19-R120-10915-1749792024-12-18T04:16:20Z http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/174979 https://doi.org/10.35537/10915/174979 Búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: La asociación Pantoea spp. – alfalfa Erdozain Bagolin, Sofía Agostina 2024-11-25 2024 2024-12-17T12:57:28Z Lagares, Antonio López, José Luis es Biología Colonización endosfera rizosfera TnSeq Pantoea Las plantas son organismos ampliamente colonizados por diversos microorganismos que constituyen su denominado microbioma. La relación entre microorganismos y plantas terrestres es un vínculo que se ha desarrollado a lo largo de los últimos 450 millones de años, a través del cual microorganismos y plantas expresan capacidades funcionales diversas, y necesidades y dependencias mutuas. Bajo tal estrategia asociativa es todo el sistema -conocido como «holobionte»- el que se adapta al medio y evoluciona. Por esta razón, los microbiomas rizosféricos, filosféricos y endofíticos son actualmente objeto de intensas investigaciones para dilucidar cómo se comunican las plantas y sus microbios asociados para promover una aptitud óptima del holobionte. Comprender las bases de las asociaciones sostenibles entre las plantas y sus complejos microbiomas constituye la base para delinear nuevas intervenciones prácticas que ayuden a mejorar el crecimiento y la salud de las plantas naturales y los sistemas agrícolas. En este trabajo de tesis hemos abordado la caracterización de la colonización de plantas de alfalfa por parte de bacterias del género Pantoea, ubicuas en distintas especies vegetales. Usamos en particular la cepa P. agglomerans LPU12 recuperada de semillas de Medicago sativa, con la que caracterizamos la dinámica del proceso de asociación a la rizósfera y endósfera de las raíces. Posteriormente, diseñamos y construimos herramientas de TnSeq con las que identificamos marcadores genéticos bacterianos relevantes para la colonización de los nichos rizosféricos y endofíticos. Además de la identificación de genes de colonización, detectamos y caracterizamos la presencia de un fuerte cuello de botella en el ingreso de las bacterias al interior de la raíz de la planta. Finalmente desarrollamos aproximaciones informáticas de aprendizaje automático supervisado que, con baja tasa de fallo, nos permitieron predecir el tropismo para colonizar plantas de diferentes especies y aislamientos del género Pantoea. Tal posibilidad constituye una herramienta potente para concentrar el estudio del género Pantoea sobre aquellas especies cuyas variantes genómicas predicen capacidades asociativas con plantas, y hacer uso de las predicciones anteriores para realizar estudios genómicos comparativos. Los resultados de este trabajo de tesis han permitido acceder al reconocimiento de aislamientos de Pantoea con capacidad de colonizar plantas, y en particular a una colección de genes vinculados a la colonización radicular exofítica y endofítica por P. agglomerans. Doctor en Ciencias Exactas, área Ciencias Biológicas Universidad Nacional de La Plata Facultad de Ciencias Exactas Tesis Tesis de doctorado http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) application/pdf
institution Universidad Nacional de La Plata
institution_str I-19
repository_str R-120
collection SEDICI (UNLP)
language Español
topic Biología
Colonización
endosfera
rizosfera
TnSeq
Pantoea
spellingShingle Biología
Colonización
endosfera
rizosfera
TnSeq
Pantoea
Erdozain Bagolin, Sofía Agostina
Búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: La asociación Pantoea spp. – alfalfa
topic_facet Biología
Colonización
endosfera
rizosfera
TnSeq
Pantoea
description Las plantas son organismos ampliamente colonizados por diversos microorganismos que constituyen su denominado microbioma. La relación entre microorganismos y plantas terrestres es un vínculo que se ha desarrollado a lo largo de los últimos 450 millones de años, a través del cual microorganismos y plantas expresan capacidades funcionales diversas, y necesidades y dependencias mutuas. Bajo tal estrategia asociativa es todo el sistema -conocido como «holobionte»- el que se adapta al medio y evoluciona. Por esta razón, los microbiomas rizosféricos, filosféricos y endofíticos son actualmente objeto de intensas investigaciones para dilucidar cómo se comunican las plantas y sus microbios asociados para promover una aptitud óptima del holobionte. Comprender las bases de las asociaciones sostenibles entre las plantas y sus complejos microbiomas constituye la base para delinear nuevas intervenciones prácticas que ayuden a mejorar el crecimiento y la salud de las plantas naturales y los sistemas agrícolas. En este trabajo de tesis hemos abordado la caracterización de la colonización de plantas de alfalfa por parte de bacterias del género Pantoea, ubicuas en distintas especies vegetales. Usamos en particular la cepa P. agglomerans LPU12 recuperada de semillas de Medicago sativa, con la que caracterizamos la dinámica del proceso de asociación a la rizósfera y endósfera de las raíces. Posteriormente, diseñamos y construimos herramientas de TnSeq con las que identificamos marcadores genéticos bacterianos relevantes para la colonización de los nichos rizosféricos y endofíticos. Además de la identificación de genes de colonización, detectamos y caracterizamos la presencia de un fuerte cuello de botella en el ingreso de las bacterias al interior de la raíz de la planta. Finalmente desarrollamos aproximaciones informáticas de aprendizaje automático supervisado que, con baja tasa de fallo, nos permitieron predecir el tropismo para colonizar plantas de diferentes especies y aislamientos del género Pantoea. Tal posibilidad constituye una herramienta potente para concentrar el estudio del género Pantoea sobre aquellas especies cuyas variantes genómicas predicen capacidades asociativas con plantas, y hacer uso de las predicciones anteriores para realizar estudios genómicos comparativos. Los resultados de este trabajo de tesis han permitido acceder al reconocimiento de aislamientos de Pantoea con capacidad de colonizar plantas, y en particular a una colección de genes vinculados a la colonización radicular exofítica y endofítica por P. agglomerans.
author2 Lagares, Antonio
author_facet Lagares, Antonio
Erdozain Bagolin, Sofía Agostina
format Tesis
Tesis de doctorado
author Erdozain Bagolin, Sofía Agostina
author_sort Erdozain Bagolin, Sofía Agostina
title Búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: La asociación Pantoea spp. – alfalfa
title_short Búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: La asociación Pantoea spp. – alfalfa
title_full Búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: La asociación Pantoea spp. – alfalfa
title_fullStr Búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: La asociación Pantoea spp. – alfalfa
title_full_unstemmed Búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: La asociación Pantoea spp. – alfalfa
title_sort búsqueda a escala genómica de marcadores moleculares de colonización exofítica/endofítica en una bacteria ubicua asociada a plantas: la asociación pantoea spp. – alfalfa
publishDate 2024
url http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/174979
https://doi.org/10.35537/10915/174979
work_keys_str_mv AT erdozainbagolinsofiaagostina busquedaaescalagenomicademarcadoresmolecularesdecolonizacionexofiticaendofiticaenunabacteriaubicuaasociadaaplantaslaasociacionpantoeasppalfalfa
_version_ 1842398857370009600

Ejemplares similares