Integración bioinformática de metodologías ómicas para el estudio de comunidades microbianas en suelos
Las comunidades microbianas son esenciales en la dinámica y la sostenibilidad de los suelos. Presentamos un estudio bioinformático integrado de las respuestas de las comunidades bacterianas del suelo a diferentes manejos agronómicos en caña de azúcar en un experimento de larga duración en la EEA INT...
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| Lenguaje: | Español |
| Publicado: |
2023
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| Acceso en línea: | http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/165456 |
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I19-R120-10915-1654562024-04-29T20:05:25Z http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/165456 Integración bioinformática de metodologías ómicas para el estudio de comunidades microbianas en suelos español Ortiz Rocca, Lucía Martina Montecchia, Marcela S. Chalco Vera, Jorge Acreche, Martín M. Correa, Olga S. Soria, Marcelo A. 2023-09 2023 2024-04-29T16:48:43Z es Ciencias Informáticas metagenómica secuenciación 16S rRNA secuenciación ADN total microbiota del suelo Las comunidades microbianas son esenciales en la dinámica y la sostenibilidad de los suelos. Presentamos un estudio bioinformático integrado de las respuestas de las comunidades bacterianas del suelo a diferentes manejos agronómicos en caña de azúcar en un experimento de larga duración en la EEA INTA Famaillá. Se integraron tres fuentes de datos: abundancia de genes mayormente relacionados con el flujo de gases de efecto invernadero, secuenciación masiva del gen 16S rRNA y secuenciación masiva de ADN total. Detectamos diferencias en las abundancias de algunos genes funcionales. Luego usando qiime2 y otras herramientas analizamos el comportamiento de 12,000 variantes de secuencias derivados de 2.1 millones de secuencias paired-end del gen 16S, y encontramos algunas diferencias cuantitativas en la composición de las comunidades. Con los datos de secuenciación masiva de ADN total (32Giga bases) ensamblamos contigs (Megahit) y los agrupamos en bins (MaxBin2), obteniendo 374 genomas ensamblados de metagenomas (MAGs). Anotamos los MAGs de mejor calidad con EggNog. El estudio integrado y secuencial nos permitió mantener bajos los costos de la etapa más cara (secuenciación de ADN total) y nos permitió acelerar el descubrimiento de los genomas de interés para los objetivos del estudio. Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa Objeto de conferencia Objeto de conferencia http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) application/pdf 66-78 |
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