Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple

El objetivo general de esta tesis fue evaluar la variabilidad y estructuración genética de la raza equina Polo Argentino, utilizando datos genealógicos y genotípicos obtenidos con un microarray de SNP. Se utilizaron los datos de pedigrí para calcular distintos parámetros genéticos poblacionales. Se...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor principal: Azcona, Florencia
Otros Autores: Demyda Peyrás, Sebastián
Formato: Tesis Tesis de doctorado
Lenguaje:Español
Publicado: 2023
Materias:
Acceso en línea:http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/157979
https://doi.org/10.35537/10915/157979
Aporte de:
id I19-R120-10915-157979
record_format dspace
spelling I19-R120-10915-1579792023-09-22T20:09:02Z http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/157979 https://doi.org/10.35537/10915/157979 Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple Azcona, Florencia 2023-07-12 2023 2023-09-22T13:51:35Z Demyda Peyrás, Sebastián Peral García, Pilar Corva, Pablo Trigo, Pablo Ignacio Kienast, Mariana Eva es Ciencias Veterinarias Caballo Polo Argentino variabilidad genética endogamia bloques de homocigosidad huellas de selección El objetivo general de esta tesis fue evaluar la variabilidad y estructuración genética de la raza equina Polo Argentino, utilizando datos genealógicos y genotípicos obtenidos con un microarray de SNP. Se utilizaron los datos de pedigrí para calcular distintos parámetros genéticos poblacionales. Se seleccionaron 385 individuos Polo Argentino para ser genotipados con el microarray Illumina Equine GGP array (70k). Se realizó una caracterización de bloques de homocigosidad (ROH) y de la endogamia a nivel molecular. Se incorporaron datos genotípicos de otras 14 razas equinas para evaluar la estructuración, composición y diferenciación genética. El análisis genealógico reveló que en la última generación más del 70% de los individuos nacieron por transferencia embrionaria. Esto se asoció a una reducción del intervalo generacional y mayor flujo genético entre criadores, pero también al aumento de la endogamia promedio y una contribución genética desigual de ancestros (principalmente Pura Sangre de Carrera - SPC). El coeficiente de endogamia molecular fue mayor que el calculado con datos genealógicos (14% vs. 0,8%, valor-p<0,001) y estuvo caracterizado por la presencia mayoritaria de ROH cortos (<5,5Mb) lo cual demuestra endogamia ancestral. Se identificaron 4 islas ROH ubicadas en los cromosomas 1, 7 y 17, las cuales contenían 25 genes con distintas funciones reportadas. El SPC fue la principal influencia genética de la raza, aunque se observó una leve e incipiente diferenciación genética. Varias regiones genómicas presentaron elevados índices FST entre el Polo Argentino y SPC, conteniendo genes con funciones variadas, las cuales podrían constituir huellas de selección. Finalmente, algunos marcadores asociados a caracteres fenotípicos vinculados a la aptitud deportiva (velocidad y tamaño corporal) demostraron estar bajo selección en el caballo Polo Argentino. El conocimiento de la situación genética de la raza Polo Argentino resulta de especial interés para guiar las decisiones de cría y contribuir con el progreso genético. Doctor en Ciencias Veterinarias Universidad Nacional de La Plata Facultad de Ciencias Veterinarias Tesis Tesis de doctorado http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-NC-ND 4.0) application/pdf
institution Universidad Nacional de La Plata
institution_str I-19
repository_str R-120
collection SEDICI (UNLP)
language Español
topic Ciencias Veterinarias
Caballo Polo Argentino
variabilidad genética
endogamia
bloques de homocigosidad
huellas de selección
spellingShingle Ciencias Veterinarias
Caballo Polo Argentino
variabilidad genética
endogamia
bloques de homocigosidad
huellas de selección
Azcona, Florencia
Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple
topic_facet Ciencias Veterinarias
Caballo Polo Argentino
variabilidad genética
endogamia
bloques de homocigosidad
huellas de selección
description El objetivo general de esta tesis fue evaluar la variabilidad y estructuración genética de la raza equina Polo Argentino, utilizando datos genealógicos y genotípicos obtenidos con un microarray de SNP. Se utilizaron los datos de pedigrí para calcular distintos parámetros genéticos poblacionales. Se seleccionaron 385 individuos Polo Argentino para ser genotipados con el microarray Illumina Equine GGP array (70k). Se realizó una caracterización de bloques de homocigosidad (ROH) y de la endogamia a nivel molecular. Se incorporaron datos genotípicos de otras 14 razas equinas para evaluar la estructuración, composición y diferenciación genética. El análisis genealógico reveló que en la última generación más del 70% de los individuos nacieron por transferencia embrionaria. Esto se asoció a una reducción del intervalo generacional y mayor flujo genético entre criadores, pero también al aumento de la endogamia promedio y una contribución genética desigual de ancestros (principalmente Pura Sangre de Carrera - SPC). El coeficiente de endogamia molecular fue mayor que el calculado con datos genealógicos (14% vs. 0,8%, valor-p<0,001) y estuvo caracterizado por la presencia mayoritaria de ROH cortos (<5,5Mb) lo cual demuestra endogamia ancestral. Se identificaron 4 islas ROH ubicadas en los cromosomas 1, 7 y 17, las cuales contenían 25 genes con distintas funciones reportadas. El SPC fue la principal influencia genética de la raza, aunque se observó una leve e incipiente diferenciación genética. Varias regiones genómicas presentaron elevados índices FST entre el Polo Argentino y SPC, conteniendo genes con funciones variadas, las cuales podrían constituir huellas de selección. Finalmente, algunos marcadores asociados a caracteres fenotípicos vinculados a la aptitud deportiva (velocidad y tamaño corporal) demostraron estar bajo selección en el caballo Polo Argentino. El conocimiento de la situación genética de la raza Polo Argentino resulta de especial interés para guiar las decisiones de cría y contribuir con el progreso genético.
author2 Demyda Peyrás, Sebastián
author_facet Demyda Peyrás, Sebastián
Azcona, Florencia
format Tesis
Tesis de doctorado
author Azcona, Florencia
author_sort Azcona, Florencia
title Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple
title_short Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple
title_full Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple
title_fullStr Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple
title_full_unstemmed Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple
title_sort caracterización genética del caballo polo argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple
publishDate 2023
url http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/157979
https://doi.org/10.35537/10915/157979
work_keys_str_mv AT azconaflorencia caracterizaciongeneticadelcaballopoloargentinomedianteelanalisisdedatosgenealogicosydepolimorfismosdenucleotidosimple
_version_ 1807221098791567360