Caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de Kisspeptina, GPR-54, en <i>Mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas

La kisspeptina cumple un rol fundamental como regulador del eje reproductivo y se la ha asociado a un receptor acoplado a proteína G heptahelical de la familia de la rodopsina (GPR-54), ubicado en la membrana plasmática de las neuronas con expresión de la hormona liberadora de gonadotropina (GnRH),...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores principales: Schmidt, Alejandro Raúl, Lozano, Mauricio Javier, Ferrelli, María Leticia, Parisi, Gustavo Daniel
Formato: Libro Capitulo de libro
Lenguaje:Español
Publicado: Facultad de Ciencias Exactas (UNLP) 2022
Materias:
Biología
kisspeptina
mamíferos
bioinformática
Acceso en línea:http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/152285
Aporte de:
SEDICI (UNLP) de Universidad Nacional de La Plata
id I19-R120-10915-152285
record_format dspace
spelling I19-R120-10915-1522852023-04-28T20:08:57Z http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/152285 isbn:978-950-34-2180-2 Caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de Kisspeptina, GPR-54, en <i>Mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas Schmidt, Alejandro Raúl 2022 2023-04-28T14:39:56Z Lozano, Mauricio Javier Ferrelli, María Leticia Parisi, Gustavo Daniel Facultad de Ciencias Exactas (UNLP) es Biología kisspeptina mamíferos bioinformática La kisspeptina cumple un rol fundamental como regulador del eje reproductivo y se la ha asociado a un receptor acoplado a proteína G heptahelical de la familia de la rodopsina (GPR-54), ubicado en la membrana plasmática de las neuronas con expresión de la hormona liberadora de gonadotropina (GnRH), la cual es de vital importancia para la reproducción. Con el objetivo de caracterizar secuencial, estructural y evolutivamente a GPR-54, en Mus musculus, se utilizaron diversas herramientas bioinformáticas. A partir del código Uniprot (Q91V45) se accedió a la secuencia FASTA y se realizó un BLAST en busca de homólogos dentro de Rodentia para su posterior alineamiento múltiple de secuencias que destacará la variabilidad y características clase específicas de los mismos. De esta forma, se obtuvieron 6 grupos de proteínas homólogas (receptor de Kisspeptina tipo 1, receptor de galinina tipo 1, 2 y 3, receptor de somatostatina tipo 4 y receptor opioide tipo kappa) con perfiles secuenciales particulares en el extremo N terminal y en el primero, quinto y sexto loop extracelular. En el mismo alineamiento se encontró una alta conservación de los residuos cuya mutación dispara la pérdida de función del receptor y que por análisis de Evolutionary Trace mostraron no ser de importancia funcional. Estructuralmente se construyeron modelos por homología con el Modeller y ab initio vía trRosetta con rmsd de 1.3 y 0.8, respectivamente, que permitieron visualizar y confirmar las predicciones de estructuras secundaria generadas por el servidor QUICK2D, que establecían la presencia de alfa hélices en los 7 segmentos transmembrana. Para finalizar se realizó un análisis filogenético utilizando como modelo evolutivo JTT + F, establecido por Modeltest, y PHYML, para la construcción de un árbol con las secuencias previamente estudiadas de los 6 grupos de proteínas homólogas. De este estudio, se destaca que el bootstrap del nodo de las GPR-54 con los receptores de galanina, que fueron las secuencias con mayor similitud, es de 65. A modo de conclusión se logró caracterizar secuencial, estructural y evolutivamente a GPR-54, en una triada que se interrelaciona desde la perspectiva estructura-función y que es el reflejo del paso evolutivo. Facultad de Ciencias Exactas Libro Capitulo de libro http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) application/pdf 99-112
institution Universidad Nacional de La Plata
institution_str I-19
repository_str R-120
collection SEDICI (UNLP)
language Español
topic Biología
kisspeptina
mamíferos
bioinformática
spellingShingle Biología
kisspeptina
mamíferos
bioinformática
Schmidt, Alejandro Raúl
Lozano, Mauricio Javier
Ferrelli, María Leticia
Parisi, Gustavo Daniel
Caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de Kisspeptina, GPR-54, en <i>Mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas
topic_facet Biología
kisspeptina
mamíferos
bioinformática
description La kisspeptina cumple un rol fundamental como regulador del eje reproductivo y se la ha asociado a un receptor acoplado a proteína G heptahelical de la familia de la rodopsina (GPR-54), ubicado en la membrana plasmática de las neuronas con expresión de la hormona liberadora de gonadotropina (GnRH), la cual es de vital importancia para la reproducción. Con el objetivo de caracterizar secuencial, estructural y evolutivamente a GPR-54, en Mus musculus, se utilizaron diversas herramientas bioinformáticas. A partir del código Uniprot (Q91V45) se accedió a la secuencia FASTA y se realizó un BLAST en busca de homólogos dentro de Rodentia para su posterior alineamiento múltiple de secuencias que destacará la variabilidad y características clase específicas de los mismos. De esta forma, se obtuvieron 6 grupos de proteínas homólogas (receptor de Kisspeptina tipo 1, receptor de galinina tipo 1, 2 y 3, receptor de somatostatina tipo 4 y receptor opioide tipo kappa) con perfiles secuenciales particulares en el extremo N terminal y en el primero, quinto y sexto loop extracelular. En el mismo alineamiento se encontró una alta conservación de los residuos cuya mutación dispara la pérdida de función del receptor y que por análisis de Evolutionary Trace mostraron no ser de importancia funcional. Estructuralmente se construyeron modelos por homología con el Modeller y ab initio vía trRosetta con rmsd de 1.3 y 0.8, respectivamente, que permitieron visualizar y confirmar las predicciones de estructuras secundaria generadas por el servidor QUICK2D, que establecían la presencia de alfa hélices en los 7 segmentos transmembrana. Para finalizar se realizó un análisis filogenético utilizando como modelo evolutivo JTT + F, establecido por Modeltest, y PHYML, para la construcción de un árbol con las secuencias previamente estudiadas de los 6 grupos de proteínas homólogas. De este estudio, se destaca que el bootstrap del nodo de las GPR-54 con los receptores de galanina, que fueron las secuencias con mayor similitud, es de 65. A modo de conclusión se logró caracterizar secuencial, estructural y evolutivamente a GPR-54, en una triada que se interrelaciona desde la perspectiva estructura-función y que es el reflejo del paso evolutivo.
format Libro
Capitulo de libro
author Schmidt, Alejandro Raúl
Lozano, Mauricio Javier
Ferrelli, María Leticia
Parisi, Gustavo Daniel
author_facet Schmidt, Alejandro Raúl
Lozano, Mauricio Javier
Ferrelli, María Leticia
Parisi, Gustavo Daniel
author_sort Schmidt, Alejandro Raúl
title Caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de Kisspeptina, GPR-54, en <i>Mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas
title_short Caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de Kisspeptina, GPR-54, en <i>Mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas
title_full Caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de Kisspeptina, GPR-54, en <i>Mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas
title_fullStr Caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de Kisspeptina, GPR-54, en <i>Mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas
title_full_unstemmed Caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de Kisspeptina, GPR-54, en <i>Mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas
title_sort caracterización secuencial, estructural y evolutiva del receptor de kisspeptina, gpr-54, en <i>mus musculus</i> mediante herramientas bioinformáticas
publisher Facultad de Ciencias Exactas (UNLP)
publishDate 2022
url http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/152285
work_keys_str_mv AT schmidtalejandroraul caracterizacionsecuencialestructuralyevolutivadelreceptordekisspeptinagpr54enimusmusculusimedianteherramientasbioinformaticas
AT lozanomauriciojavier caracterizacionsecuencialestructuralyevolutivadelreceptordekisspeptinagpr54enimusmusculusimedianteherramientasbioinformaticas
AT ferrellimarialeticia caracterizacionsecuencialestructuralyevolutivadelreceptordekisspeptinagpr54enimusmusculusimedianteherramientasbioinformaticas
AT parisigustavodaniel caracterizacionsecuencialestructuralyevolutivadelreceptordekisspeptinagpr54enimusmusculusimedianteherramientasbioinformaticas
_version_ 1765660100812341248

Ejemplares similares