Generación de una herramienta para la búsqueda de metadata asociada a transcriptos

Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados d...

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Detalles Bibliográficos
Autores principales:	Machado, Rodrigo, Moschen, Sebastián, Gónzalez, Sergio Alberto, Conti, Gabriela, Massaro, Mora, Di Rienzo, Julio Alejandro, Burdyn, Lourdes, Hopp, Horacio Esteban, Fernández, Paula
Formato:	Objeto de conferencia
Lenguaje:	Español
Publicado:	2021
Materias:	Ciencias Informáticas Raspado web Transcriptómica Metadata
Acceso en línea:	http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/140594 http://50jaiio.sadio.org.ar/pdfs/cai/CAI-13.pdf
Aporte de:	SEDICI (UNLP) de Universidad Nacional de La Plata

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description	Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados deben ser caracterizados con el fin de obtener toda la información posible de la secuencia del genoma, para luego ser anotados funcionalmente. En ese sentido, el desarrollo de un buscador de metadata asociada a cada lectura de manera personalizada para cada experimento y/o especie conlleva grandes ventajas. A la hora de procesar los datos, a partir del nombre del gen o secuencia puede obtenerse, por ejemplo, la descripción de la proteína, los términos GO, vías de Uniprot, así como resúmenes sobre las categorías funcionales. En el presente trabajo, se utilizó como punto de partida una tabla de expresión diferencial obtenida a partir del procesamiento bioinformático de la colección biológica PRJNA417324 y mediante la técnica de raspado web, empleando el programa Beautiful Soup, se obtuvo metadata asociada para cada transcripto a partir de la base de datos UNIPROT.
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