Diseño de una arquitectura en pipeline para la descarga y análisis de secuencias de promotores en Solanum lycopersicum
Se presenta el desarrollo de una arquitectura en pipeline que automatiza la descarga de promotores de Solanum lycopersicum desde la Sol Genomics Network y luego los analiza con el programa MEME y TOMTOM. El código está disponible en www.github.com/lalebot/pip-prom-tom y utiliza Git como software...
Guardado en:
| Autor principal: | |
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| Otros Autores: | |
| Formato: | masterThesis Tésis de Maestría acceptedVersion |
| Lenguaje: | Español |
| Publicado: |
2018
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| Materias: | |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/2133/12340 http://hdl.handle.net/2133/12340 |
| Aporte de: |
| Sumario: | Se presenta el desarrollo de una arquitectura en pipeline que automatiza la descarga de
promotores de Solanum lycopersicum desde la Sol Genomics Network y luego los analiza con
el programa MEME y TOMTOM. El código está disponible en
www.github.com/lalebot/pip-prom-tom y utiliza Git como software de versionado de
software. Se combina el uso de threads en Python, expresiones regulares y base de datos
SQLite que conjuntamente disminuyen el tiempo de descarga de los promotores y optimiza la
utilización de recursos informáticos.
La presente metodología es potencialmente aplicable a otras áreas biológicas. |
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