Diseño de una arquitectura en pipeline para la descarga y análisis de secuencias de promotores en Solanum lycopersicum

Se presenta el desarrollo de una arquitectura en pipeline que automatiza la descarga de promotores de Solanum lycopersicum desde la Sol Genomics Network y luego los analiza con el programa MEME y TOMTOM. El código está disponible en www.github.com/lalebot/pip-prom-tom y utiliza Git como software...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor principal: Pistilli Neri, Alejandro Damián
Otros Autores: Arce, Débora
Formato: masterThesis Tésis de Maestría acceptedVersion
Lenguaje:Español
Publicado: 2018
Materias:
tecnologías de secuenciación
plataformas bioinformáticas
pipeline
Solanum lycopersicum
recursos informáticos
Automatización de promotores
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/2133/12340
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Aporte de:
Repositorio Hipermedial de la Universidad Nacional de Rosario (UNR) de Universidad Nacional de Rosario
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description Se presenta el desarrollo de una arquitectura en pipeline que automatiza la descarga de promotores de Solanum lycopersicum desde la Sol Genomics Network y luego los analiza con el programa MEME y TOMTOM. El código está disponible en www.github.com/lalebot/pip-prom-tom y utiliza Git como software de versionado de software. Se combina el uso de threads en Python, expresiones regulares y base de datos SQLite que conjuntamente disminuyen el tiempo de descarga de los promotores y optimiza la utilización de recursos informáticos. La presente metodología es potencialmente aplicable a otras áreas biológicas.
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