Perfiles transcriptómicos y vías de señalización del Ca²⁺ en tumores neuroendocrinos hipofisarios

Los tumores neuroendocrinos hipofisarios (PitNETs) presentan alteraciones genómicas que generan una divergencia funcional fundamental para la identificación de biomarcadores de diagnóstico y posibles blancos terapéuticos futuros. Se ha observado que los PitNETs funcionantes tienen una mayor inestabi...

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Detalles Bibliográficos
Autores principales: Mezger , GF, Cecenarro, L, De Battista, J, Sosa, LDV, Andreoli, V, Petiti, JP
Formato: Artículo revista
Lenguaje:Español
Publicado: Universidad Nacional Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Secretaria de Ciencia y Tecnología 2025
Materias:
PitNETs
calcium
gene expression
Calcio
expresion
.
Acceso en línea:https://revistas.unc.edu.ar/index.php/med/article/view/50437
Aporte de:
Revista de la Facultad de Ciencias Médicas de Córdoba de Universidad Nacional de Córdoba
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description Los tumores neuroendocrinos hipofisarios (PitNETs) presentan alteraciones genómicas que generan una divergencia funcional fundamental para la identificación de biomarcadores de diagnóstico y posibles blancos terapéuticos futuros. Se ha observado que los PitNETs funcionantes tienen una mayor inestabilidad genómica en comparación con los tumores no funcionantes, así como también se han descripto mutaciones en genes que regulan la señalización del Ca2+, un ion clave en la secreción hormonal y proliferación celular de estos tumores. Nuestro objetivo es comparar los distintos perfiles de expresión génica entre los subtipos de PitNETs (NF, GH y ACTH), enfatizando las vías asociadas a la señalización del calcio, identificar genes diferencialmente expresados (DEGs) y analizar el enriquecimiento de vías de señalización. Se utilizaron datos transcriptómicos de RNA-seq del dataset GSE209903 (NF=43, GH=15, ACTH=7). El análisis diferencial se realizó con el paquete DESeq2 en RStudio v4.4.2 . Los genes se consideraron diferencialmente expresados con padj<0.05 y log2FC>1. Se utilizaron UpSet plots para análisis de intersecciones y se realizaron análisis de enriquecimiento KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). El análisis transcriptómico reveló perfiles de expresión génica diferencial para los subtipos funcionales de PitNETs, identificándose 12972 DEGs entre GH y NF, 9846 entre ACTH y NF y 7786 entre GH y ACTH. El análisis KEGG se realizó sobre la base de los 12972 DEGs entre GH y NF, los cuales fueron principalmente enriquecidos en la vía de señalización del calcio (“calcium signaling pathway”), emergiendo como una ruta diferencialmente modulada. Posteriormente, se analizó la expresión de los genes de señalización del Ca2+ mostrando elevados niveles del Receptor de Inositol Trifosfato 3 (ITPR3) en tumores GH.   Nuestros resultados demuestran la divergencia transcriptómica entre PitNETs NF y GH, evidenciando un gran número de genes y una actividad diferencial de la vía de señalización del calcio, relacionada a la secreción hormonal. La mayor expresión de ITPR3 en tumores GH podría estar relacionada con una mayor actividad secretora. Este enfoque resalta el valor de integrar análisis bioinformáticos dirigidos para identificar blancos terapéuticos y acceder a una medicina de precisión.
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Nuestro objetivo es comparar los distintos perfiles de expresión génica entre los subtipos de PitNETs (NF, GH y ACTH), enfatizando las vías asociadas a la señalización del calcio, identificar genes diferencialmente expresados (DEGs) y analizar el enriquecimiento de vías de señalización. Se utilizaron datos transcriptómicos de RNA-seq del dataset GSE209903 (NF=43, GH=15, ACTH=7). El análisis diferencial se realizó con el paquete DESeq2 en RStudio v4.4.2 . Los genes se consideraron diferencialmente expresados con padj<0.05 y log2FC>1. Se utilizaron UpSet plots para análisis de intersecciones y se realizaron análisis de enriquecimiento KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). El análisis transcriptómico reveló perfiles de expresión génica diferencial para los subtipos funcionales de PitNETs, identificándose 12972 DEGs entre GH y NF, 9846 entre ACTH y NF y 7786 entre GH y ACTH. 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Pituitary neuroendocrine tumors (PitNETs) exhibit genomic alterations that drive functional divergence, which is critical for identifying diagnostic biomarkers and potential future therapeutic targets. Functioning PitNETs have been reported to display greater genomic instability compared to non-functioning tumors, and mutations have also been described in genes regulating Ca²⁺ signaling, a key ion in hormone secretion and cell proliferation in these tumors. Our objective was to compare the distinct gene expression profiles among PitNET subtypes (NF, GH, and ACTH), with a focus on calcium signaling–related pathways, to identify differentially expressed genes (DEGs) and analyze pathway enrichment. Transcriptomic RNA-seq data from the GSE209903 dataset (NF=43, GH=15, ACTH=7) were used. Differential expression analysis was performed with the DESeq2 package in RStudio v4.4.2. Genes were considered differentially expressed with padj<0.05 and log2FC>1. UpSet plots were used for intersection analysis, and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) pathway enrichment analyses were performed. Transcriptomic analysis revealed distinct gene expression profiles across PitNET subtypes, identifying 12,972 DEGs between GH and NF, 9,846 between ACTH and NF, and 7,786 between GH and ACTH. KEGG analysis of the 12,972 DEGs between GH and NF showed enrichment primarily in the calcium signaling pathway, emerging as a differentially modulated route. Subsequent analysis of Ca²⁺ signaling gene expression revealed elevated levels of Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor Type 3 (ITPR3) in GH tumors. Our results demonstrate transcriptomic divergence between NF and GH PitNETs, highlighting a large number of genes and differential activity of the calcium signaling pathway, which is associated with hormone secretion. The increased expression of ITPR3 in GH tumors may be linked to enhanced secretory activity. This approach underscores the value of integrating targeted bioinformatic analyses to identify therapeutic targets and advance precision medicine. . Universidad Nacional Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Secretaria de Ciencia y Tecnología 2025-11-12 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion application/pdf https://revistas.unc.edu.ar/index.php/med/article/view/50437 Revista de la Facultad de Ciencias Médicas de Córdoba.; Vol. 82 (2025): Suplemento JIC XXVI Revista de la Facultad de Ciencias Médicas de Córdoba; Vol. 82 (2025): Suplemento JIC XXVI Revista da Faculdade de Ciências Médicas de Córdoba; v. 82 (2025): Suplemento JIC XXVI 1853-0605 0014-6722 spa https://revistas.unc.edu.ar/index.php/med/article/view/50437/50547 Derechos de autor 2025 Universidad Nacional de Córdoba https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0

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