Monitoreo de SARS-CoV-2 en aguas residuales a escala de zonas sanitarias- Ciudad de Córdoba, la tercera ola COVID-19
Wastewater is a matrix that summarizes the population excretion of SARS-CoV-2, therefore, wastewater-based epidemiological surveillance is a complementary tool to clinical epidemiological surveillance. Objective: To monitor the circulation dynamics of SARS-CoV-2 in different sanitary zones of Córdob...
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Universidad Nacional Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Secretaria de Ciencia y Tecnología
2022
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Wastewater is a matrix that summarizes the population excretion of SARS-CoV-2, therefore, wastewater-based epidemiological surveillance is a complementary tool to clinical epidemiological surveillance. Objective: To monitor the circulation dynamics of SARS-CoV-2 in different sanitary zones of Córdoba city during the third wave of the COVID-19 epidemic in order to locate viral circulation critical points, to detect variants of concern (VOCs) and to increase the knowledge of the importance of viral localized monitoring.
63 sewage wastewater samples from seven sanitary zones (ZS) of the city of Córdoba and, 9 samples from the Bajo Grande WWTP (BG) were collected weekly, during december 2021-january 2022. Virus concentration: elution and precipitation with polyethylene glycol 6000. RNA extraction: MagNAPure 96- Roche. Genomic detection: DisCoVery SARS-CoV-2RT-PCR Detection Kit gene N and LightMix® Modular SARS and Wuhan CoV E-gene kit. Real-time RT-PCR VOC variants detection: TaqMan™ SARS-CoV-2 Mutation Panel (Applied Biosystems).
An increase in viral detection was recorded as the notification of COVID-19 cases increased in each SZ, identifying a differential circulation dynamics of VOCs, over time, in each SZ (DELTA circulation first, followed by the introduction of Omicron, the co-circulation of both and finally, only Omicron). Bajo Grande viral detection results summarized those obtained in the sanitary zones, having detected the SARS-COV-2 genome in the 100% of the samples and reflecting, first the population circulation of the DELTA variants, then the introduction of Omicron, followed by the co-circulation of both variants, to reflect finally, as of mid-January, only the circulation of the Omicron variant.
Monitoring Córdoba´s SZ identified neighborhoods with the highest viral circulation and the VOCs that circulated in that neighborhood geography. It provided a tool to strengthen the localized containment and the mitigation actions to limit viral expansion to other areas of the city and to reinforce viral testing actions. Wastewater monitoring in Bajo Grande reflected the circulation of SARS-CoV2 and viral variants in the population of the City of Córdoba and was predictive of the third wave of the COVID-19 epidemic. |
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Objective: To monitor the circulation dynamics of SARS-CoV-2 in different sanitary zones of Córdoba city during the third wave of the COVID-19 epidemic in order to locate viral circulation critical points, to detect variants of concern (VOCs) and to increase the knowledge of the importance of viral localized monitoring. 63 sewage wastewater samples from seven sanitary zones (ZS) of the city of Córdoba and, 9 samples from the Bajo Grande WWTP (BG) were collected weekly, during december 2021-january 2022. Virus concentration: elution and precipitation with polyethylene glycol 6000. RNA extraction: MagNAPure 96- Roche. Genomic detection: DisCoVery SARS-CoV-2RT-PCR Detection Kit gene N and LightMix® Modular SARS and Wuhan CoV E-gene kit. Real-time RT-PCR VOC variants detection: TaqMan™ SARS-CoV-2 Mutation Panel (Applied Biosystems). An increase in viral detection was recorded as the notification of COVID-19 cases increased in each SZ, identifying a differential circulation dynamics of VOCs, over time, in each SZ (DELTA circulation first, followed by the introduction of Omicron, the co-circulation of both and finally, only Omicron). Bajo Grande viral detection results summarized those obtained in the sanitary zones, having detected the SARS-COV-2 genome in the 100% of the samples and reflecting, first the population circulation of the DELTA variants, then the introduction of Omicron, followed by the co-circulation of both variants, to reflect finally, as of mid-January, only the circulation of the Omicron variant. Monitoring Córdoba´s SZ identified neighborhoods with the highest viral circulation and the VOCs that circulated in that neighborhood geography. It provided a tool to strengthen the localized containment and the mitigation actions to limit viral expansion to other areas of the city and to reinforce viral testing actions. Wastewater monitoring in Bajo Grande reflected the circulation of SARS-CoV2 and viral variants in the population of the City of Córdoba and was predictive of the third wave of the COVID-19 epidemic. Las aguas residuales son una matriz que resume la excreción poblacional del SARS-CoV-2, por tanto, la vigilancia epidemiológica basada en aguas residuales es una herramienta complementaria a la vigilancia clínica epidemiológica. Objetivo: Monitorear la dinámica de circulación de SARS-CoV-2 en diferentes zonas sanitarias de la ciudad de Córdoba en la tercera ola epidémica COVID-19 para localizar puntos críticos de circulación viral, detección de variantes de preocupación (VOCs) y aumentar el conocimiento sobre la importancia del monitoreo viral localizado. Se recolectaron, semanalmente, durante diciembre 2021-enero 2022, 63 muestras de aguas residuales de alcantarillas de siete zonas sanitarias (ZS) de la ciudad de Córdoba y 9 muestras de la EDAR Bajo Grande (BG). Concentración del virus: elusión y precipitación con polietilenglicol 6000. Extracción de ARN: MagNAPure 96- Roche. Detección genómica: DisCoVery SARS-CoV-2RT-PCR Detection Kit gen N y LightMix® Modular SARS and Wuhan CoV E-gene kit. Detección de variantes VOCs por RT-PCR en tiempo real: TaqMan™ SARS-CoV-2 Mutation Panel (Applied Biosystems). Se registró un incremento de la detección viral a medida que aumentaba la notificación de casos COVID-19 en cada ZS, identificándose una dinámica de circulación diferencial en el tiempo, de VOCs en cada SZ (circulación de DELTA, introducción de Omicron, co-circulación de ambas y finalmente, solo Omicron). Los resultados de detección viral en Bajo Grande resumieron los obtenidos en las zonas sanitarias, detectándose genoma de SARS-COV-2 en el 100% de las muestras y reflejando primero la circulación poblacional de las variantes DELTA, introducción de Omicron, co-circulación de ambas para finalmente reflejar, a partir de mediados de enero, solo circulación de la variante Ómicron. El monitoreo de ZS de la Ciudad de Córdoba identificó barrios con mayor circulación viral y las VOCs que circulaban en esa geografía barrial. Aportó una herramienta para fortalecer acciones localizadas de contención y mitigación para limitar la expansión viral hacia otras zonas de la ciudad y reforzar acciones de testeo viral .El monitoreo de aguas residuales en Bajo Grande reflejó, la circulación de SARS-CoV2 y variantes virales en la población de la Ciudad de Córdoba y fue predictivo de la tercera ola epidémica COVID-19. . Universidad Nacional Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Secretaria de Ciencia y Tecnología 2022-10-26 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion texto texto . https://revistas.unc.edu.ar/index.php/med/article/view/38981 Revista de la Facultad de Ciencias Médicas de Córdoba.; Vol. 79 No. Suplemento JIC XXIII (2022): Suplemento JIC XXIII Revista de la Facultad de Ciencias Médicas de Córdoba; Vol. 79 Núm. Suplemento JIC XXIII (2022): Suplemento JIC XXIII Revista da Faculdade de Ciências Médicas de Córdoba; v. 79 n. Suplemento JIC XXIII (2022): Suplemento JIC XXIII 1853-0605 0014-6722 http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0 |