En la producción de biocombustibles los desafíos son nuevos, la reducción de los costos de los pretratamientos que remueven la lignina, la producción de enzimas que convierten a la celulosa y hemicelulosas de la pared celular en azúcares, y la fermentación de los azúcares simples en etanol, y en todos ellos, el denominador común es la reducción y/o modificación del contenido de lignina de la pared celular.